@()(implicit request: RequestHeader)
	@main("共线性分析(变异检测)帮助文档")("mummer") {

		<link rel="stylesheet" media="screen" href="@routes.Assets.at("stylesheets/site.css")">

		<style>
				h2 {
					font-size: 20px;
				}

				.panel-body {
					padding: 0px 15px 15px 15px;
				}

		</style>

		<div class="page-content">

			<div class="page-bar">
				<ul class="page-breadcrumb">
					<li>
						<i class="fa fa"></i>
						<a href="@routes.GenomeController.mummerBefore()">共线性分析(变异检测)</a>
						<i class="fa fa-angle-right"></i>
					</li>
					<li>
						<a href="">共线性分析(变异检测)帮助文档</a>
					</li>
				</ul>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="alg">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									alg.txt格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="alg1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											记录的是全基因组比对中，比对块的位点信息，大的比对块之间用空行隔开，每个比对块的第一行是大比对块的总信息（如果一个比对块没有跟其他比对块连成大比对块，则无此行信息），
											下面的每一行是一个小比对块的信息。对于大比对块和小比对快的描述，各列意思如下。
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<caption style="">alg.txt大的比对块第一行各列说明表</caption>
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Target序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Query序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>Target序列比对长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Query序列比对长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>该比对块包含的小比对块数目</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<caption style="">alg.txt每个小比对块各列说明表</caption>
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Target序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Query序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>小比对块在Target上的顺序</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>小比对块在Query上的顺序</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Target序列比对长度
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>Query序列比对长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>12</td>
														<td>在Target上，当前比对区域与上一个比对区域之间的距离</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>13</td>
														<td>在Target上，当前比对区域与上一个比对区域之间的距离</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>14</td>
														<td>比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="axt">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									axt.txt格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="axt1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											描述序列比对的具体情况，每个比对块的比对信息用空行隔开，第一行的位点信息描述，
											第二、三行分布是Target和Query在该比对区域的序列，第一行格式如下：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>比对块编号</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Target序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>Query序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>比对得分</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>
									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="cover">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									Cover data格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="cover1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											两个基因组序列比对的覆盖度统计表，表头各列说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列比对区域总长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Target序列总长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target序列比对区域占整个基因组的百分率</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列比对区域总长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Query序列总长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列比对区域占整个基因组的百分率</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号(<a href="@routes.GenomeController.toMummerHelp()#axt">
															比对块编号说明</a>)</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="identity">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									identity_list.txt格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div class="panel-collapse collapse in" id="identity1">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											记录的是全基因组比对中，比对块的位点信息，比对类型及相似度情况，各列意思如下。
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Target序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Query序列比对的起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列比对的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>比对的一致度（identity）</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Target序列比对长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Query序列比对长度
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>比对块类型：<br>
															Colinearity：同线性比对；Translocation：易位比对；Inversion：倒置比对；Trans+Inver：易位兼倒置比对。</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>12</td>
														<td>比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号
														</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="snp">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									SNP格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="snp1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											过滤后的SNP结果，结果文件有9列信息，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>SNP位点在Target序列上坐标</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Target上的碱基</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query上的碱基</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>SNP位点在Query序列上坐标</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>SNP所在的比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位<br>
															如果是用numcer找到的SNP，第8、9列为“—”。</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>SNP所在的比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indel">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									InDel格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indel1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											过滤后的InDel结果，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>InDel位点在Target序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>InDel位点在Target序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>InDel位点在Query序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>InDel位点在Query序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>InDel类型：<br>
															Insertion：插入，Deletion：缺失<br>
															Insertion、Deletion后面加数字时表示，该InDel位于重复序列区，数字的大小表示InDel可以向后延伸的距离；DupInsert、DupDele后面的数字表示重复序列在缺失的基因组上的长度。<br>
															在重复序列区域，InDel的位置，从信息层面上是不好确定的，举个简单的例子：<br>
															这个比对结果：<br>
															G - - - AATTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															跟下面这个比对结果的得分是一样的：<br>
															GAA - - - TTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															这个插入的序列是“AAA”，但是位置是不确定的，它的起点可以是2、3、4，但是我们不会把所有的情况都列出来，
															只是把最小的起点2作为这个Insertion的起点，后边标记“-2”：Insertion-2，
															表示这个Insertion的起点有可能在当前起点后2 bp范围内。
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>InDel长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>InDel所在的比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位<br>
															如果是用numcer找到的InDel，10、11列为“—”。
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>InDel所在的比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>12</td>
														<td>
															InDel序列
														</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="sv">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									SV格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="sv1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											过滤后的SV结果，有13列信息，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>

												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>SV在Target序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>SV在Target序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>SV在Query序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>SV在Query序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>SV类型：Translocation（易位）、Inversion（倒置）、Trans+Inver(易位兼倒置) 、Deletion（缺失）、Insertion（插入）、ComplexInDel（Target与Query基因组位置上相对应的序列比对不上，其形成原因可能是target和queryt都在指定的区域发生了插入，或者其中之一发生了插入和缺少，而且发生的区域有所重叠，也有可能是该区域的变异太大了导致比对不上）、DupInser(串联重复序列插入)、DupDele(串联重复序列缺失)<br>
															<img src="@routes.Assets.at("images/sv_1.png")" style="width: 70%"><br>
															Insertion：插入，Deletion：缺失
															Insertion、Deletion后面加数字时表示，该InDel位于重复序列区，数字的大小表示InDel可以向后延伸的距离；DupInsert、DupDele后面的数字表示重复序列在缺失的基因组上的长度。<br>
															在重复序列区域，InDel的位置，从信息层面上是不好确定的，举个简单的例子：<br>
															这个比对结果：<br>
															G - - - AATTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															跟下面这个比对结果的得分是一样的：<br>
															GAA - - - TTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															这个插入的序列是“AAA”，但是位置是不确定的，它的起点可以是2、3、4，但是我们不会把所有的情况都列出来，只是把最小的起点2作为这个Insertion的起点，后边标记“-2”：Insertion-2，表示这个Insertion的起点有可能在当前起点后2 bp范围内；当移动距离与InDel长度相当或者长度是InDel长度数倍时就在InDel类型前标记上“Dup”。
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Target上SV区域的长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Query上SV区域的长度
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>SV所在的比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>12</td>
														<td>
															SV所在的比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号，如果后面的数字是两个小比对块的编号用“.”连起，则表示该SV是位于两个小比对块之间的InDel。
														</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="cdsStat">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									snp.cds.stat格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="cdsStat1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											CDS区域SNP注释的统计列表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>

												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Start_syn</td>
														<td>起始密码子同义突变，即突变后的起始密码子仍为起始密码子</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Stop_syn</td>
														<td>终止密码子同义突变</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Start_nonsyn</td>
														<td>起始密码子非同义突变，即突变后的起始密码子不再为起始密码子</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Stop_nonsyn</td>
														<td>终止密码子非同义突变</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Premature_stop</td>
														<td>无义突变，该位点三联体密码子突变成终止密码子</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Synonymous</td>
														<td>基因区内同义突变</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>Nonsynonymous</td>
														<td>基因区内的非同义突变</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>Total_CDS_SNP</td>
														<td>位于基因区的SNP</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Intergenic</td>
														<td>位于基因间区的SNP</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Total_SNP</td>
														<td>样品总SNP</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="chrStat">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									snp.chr.stat格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="chrStat1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											参考序列上每条染色体的SNP注释统计列表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>ChrID</td>
														<td>参考序列染色体ID，Total 一行代表所有染色体的总数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>#Tol_SNP</td>
														<td>染色体上SNP 的总个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>#Intergenic</td>
														<td> 位于基因染色体基因间区的SNP 个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>#Syn</td>
														<td>位于基因染色体基因区的同义突变SNP 个数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>#Non_syn</td>
														<td>位于基因染色体基因区的非同义突变SNP 个数</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="cdsInfo">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									snp.cds.info格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="cdsInfo1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											位于基因区SNP 注释文件，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>ref_id</td>
														<td>参考序列ID</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>position</td>
														<td>SNP 的位置</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>ref_base<->sample_base</td>
														<td>参考序列对应位置碱基 <-> 样品对应位置碱基，表示SNP 突变的碱基型</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>4</td>
														<td>snp_status</td>
														<td>SNP 类型，“Homo”表示纯合SNP，“Het 个数”，表示杂合SNP，杂合数为“Het”后的个数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>strand</td>
														<td>SNP 所在基因在参考序列上的方向</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>6</td>
														<td>codon_phase</td>
														<td>格式如“100:1”，“:”前表示该SNP 位点所在三联体密码子序号（起始密码子序号为1），“:”后表示
															该位点所在相位（“0”表示三联体密码子的第一位，“1”表示三联体密码子的第二位，“2”表示三联体
															密码子的第三位）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>7</td>
														<td>codon_mutate</td>
														<td>SNP 所在的参考序列三联体密码子 <-> 样品三联体密码子</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>8</td>
														<td>aa_mutate</td>
														<td>SNP 所在的参考序列氨基酸 <-> 样品氨基酸</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>9</td>
														<td>mutate_type</td>
														<td>SNP 突变类型，“Synonymous”表示同义突变，“Nonsynonymous”表示非同义突变</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>10</td>
														<td>synonymous</td>
														<td>同义突变（“0”表示否，“1”表示是）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>11</td>
														<td>nonsynonymous</td>
														<td>非同义突变（“0”表示否，“1”表示是）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>12</td>
														<td>gene_id</td>
														<td>SNP 所在的参考序列的基因ID</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>13</td>
														<td>pos_start</td>
														<td>SNP 所在基因在参考序列上的起始位置</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>14</td>
														<td>pos_end</td>
														<td>SNP 所在基因在参考序列上的终止位置</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="interInfo">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									snp.intergenic.info格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="interInfo1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											位于基因间区的SNP 注释文件，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>ref_id</td>
														<td>参考序列ID</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>position</td>
														<td>SNP 的位置</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>ref_base</td>
														<td>参考序列对应位置碱基</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>4</td>
														<td>sample_base</td>
														<td>样品对应位置碱基</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>gene_dis</td>
														<td>SNP 与其最近的基因的距离</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>6</td>
														<td>gene_start</td>
														<td>基因的起始位置</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>7</td>
														<td>gene_end</td>
														<td>基因的终止位置</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>8</td>
														<td>gene_stand</td>
														<td>基因的方向，“+”表示正链，“-”表示反向互补链</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>9</td>
														<td>gene_name</td>
														<td>基因ID</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelCdsIndelStat">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.cdsindel.stat格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelCdsIndelStat1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											样品的 InDel 发生在基因区的个数统计表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Mutate_Pos</td>
														<td>发生在编码区的 InDel 类型，“Start_Codon”： 起始密码子，“Gene_inner”： 非起始、终止密码子，“Stop_codon”：
															终止密码子</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Insertion_Number</td>
														<td>插入的个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Insertion_Rate(%)</td>
														<td>插入的个数占样品中 InDel 个数的百分比</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Deletion_Number</td>
														<td>删除的个数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Deletion _Rate(%)</td>
														<td>删除的个数占样品中 InDel 个数的百分比</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Total</td>
														<td>样品总 InDel</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelCdsStat">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.cds.stat格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelCdsStat1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											样品的 InDel 引起的基因突变类型统计表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Mutate_Type</td>
														<td>统计的类型，“INDEL_Number”： InDel 的个数，“Percentage(%)”： InDel 个数占样品中 InDel 个数的百分比</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Frame-shifted</td>
														<td>InDel 导致了开放读码框移码突变</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Damaged-Start-Codon</td>
														<td>InDel 导致了开放读码框的起始密码子被破坏</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Damaged-Stop-Codon</td>
														<td>InDel 导致了开放读码框的终止密码子被破坏</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>Premature-Stop</td>
														<td>InDel 导致了开放读码框移码突变出现了终止密码子，提前终止了开放读码框</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>6</td>
														<td>Others-Change</td>
														<td>InDel 对开放读码框没有重大的影响</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>CDS_with_INDEL</td>
														<td>存在 InDel 的 CDS 个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>Total_CDS</td>
														<td>参考序列的 CDS 总个数</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelChrStat">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.chr.stat格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelChrStat1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											参考序列的每个染色体上的 InDel 个数统计表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >行标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>ChrID</td>
														<td>参考序列染色体 ID， Total 一行代表所有染色体的总数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>2</td>
														<td>#Tol_INDEL</td>
														<td>染色体上 InDel 的总个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>#Intergenic</td>
														<td> 位于基因染色体基因间区的 InDel 个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>#Non_shift</td>
														<td>位于基因染色体基因区，未引起阅读框移码的 InDel 个数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>#Shift</td>
														<td>位于基因染色体基因区， 引起阅读框移码的 InDel 个数</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelInfo">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.info格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelInfo1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											InDel 在功能区的详细注释列表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >行数</th>
													<th  >列标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>query_ID</td>
														<td>样品的染色体或组装后的 Scaffold 序列 ID</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>InDel_type</td>
														<td>InDel 类型（Insertion 或者 Deletion）</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>InDel_start</td>
														<td>InDel 在样品中的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>4</td>
														<td>InDel_end</td>
														<td>InDel 在样品中的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>ref</td>
														<td>参考序列 ID</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>6</td>
														<td>ref_start</td>
														<td>InDel 在参考序列中的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>7</td>
														<td>ref_end</td>
														<td>InDel 在参考序列中的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>8</td>
														<td>Base</td>
														<td>插入或者缺失的碱基序列</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Fr</td>
														<td>样品序列和参考序列 Lastz 比对的方向</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Pos_type</td>
														<td>InDel 处于基因的区域（包括 Start_Codon， Gene_inner， Stop_Codon）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>11</td>
														<td>Annotation_type</td>
														<td>InDel 的注释类型</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>12</td>
														<td>pos_start</td>
														<td>基因的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>13</td>
														<td>pos_end</td>
														<td>基因的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>14</td>
														<td>strand</td>
														<td>Gene 序列方向（“+”表示正链， “-”表示负链）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>15</td>
														<td>gene_id</td>
														<td>基因名称</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelInterInfo">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.intergenic.info格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelInterInfo1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											InDel 在非功能区的注释列表，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>InDel 在样品中的 scaffold 或者 contig 名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>InDel 类型（Insertion 或者 Deletion）</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>InDel 在样品中的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>4</td>
														<td>InDel 在样品中的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>5</td>
														<td>参考序列名称</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>6</td>
														<td>InDel 在参考序列中的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>7</td>
														<td>InDel 在参考序列中的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>8</td>
														<td>插入或者缺失的碱基序列</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>9</td>
														<td>样品序列和参考序列 Lastz 比对的方向</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>10</td>
														<td>InDel 与距离其最近的基因的距离</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>11</td>
														<td>基因的起始位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>12</td>
														<td>基因的终止位点</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>13</td>
														<td>Gene 序列方向（“+”表示正链， “-”表示负链）</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>14</td>
														<td>基因名称</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="indelLenDis">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									indel.len.dis
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="indelLenDis1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											InDel 长度分布统计，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >列标题</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>
												<tbody>
													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Length</td>
														<td>InDel 长度分布</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>Insertion</td>
														<td>Insertion 个数</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>Deletion</td>
														<td>Deletion 个数</td>
													</tr>
													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Total</td>
														<td>InDel 总个数</td>
													</tr>
												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

			<div class="row-fluid" id="svAnno">
				<div class="row">
					<div class="col-md-12 col-sm-12">
						<div class="portlet blue-madison box">
							<div class="portlet-title">
								<div class="caption" style="cursor: pointer;
									width: 98%" onclick="Tool.expand(this)">
									sv.anno格式
								</div>
								<div class="tools">
									<a class="collapse" id="removeClick" disabled="true"></a>
								</div>
							</div>

							<div class="portlet-body">

								<div id="svAnno1" class="panel-collapse collapse in">
									<div class="panel-body">
										<h2>格式说明</h2>
										<p>
											SV注释结果，各列格式说明如下（从左到右）：
										</p>

										<div class="table-responsive" style="margin-top: 10px">
											<table class="display table table-bordered" id="table1">
												<thead>
													<th  >列数</th>
													<th  >说明</th>
												</thead>

												<tbody>

													<tr>
														<td>1</td>
														<td>Target序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>2</td>
														<td>SV在Target序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>3</td>
														<td>SV在Target序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>4</td>
														<td>Query序列名称</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>5</td>
														<td>SV在Query序列上起点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>6</td>
														<td>SV在Query序列上的终点</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>7</td>
														<td>比对方向</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>8</td>
														<td>SV类型：Translocation（易位）、Inversion（倒置）、Trans+Inver(易位兼倒置) 、Deletion（缺失）、Insertion（插入）、ComplexInDel（Target与Query基因组位置上相对应的序列比对不上，其形成原因可能是target和queryt都在指定的区域发生了插入，或者其中之一发生了插入和缺少，而且发生的区域有所重叠，也有可能是该区域的变异太大了导致比对不上）、DupInser(串联重复序列插入)、DupDele(串联重复序列缺失)<br>
															<img src="@routes.Assets.at("images/sv_1.png")" style="width: 70%"><br>
															Insertion：插入，Deletion：缺失
															Insertion、Deletion后面加数字时表示，该InDel位于重复序列区，数字的大小表示InDel可以向后延伸的距离；DupInsert、DupDele后面的数字表示重复序列在缺失的基因组上的长度。<br>
															在重复序列区域，InDel的位置，从信息层面上是不好确定的，举个简单的例子：<br>
															这个比对结果：<br>
															G - - - AATTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															跟下面这个比对结果的得分是一样的：<br>
															GAA - - - TTCAA<br>
															GAAAAATTCAA<br>
															这个插入的序列是“AAA”，但是位置是不确定的，它的起点可以是2、3、4，但是我们不会把所有的情况都列出来，只是把最小的起点2作为这个Insertion的起点，后边标记“-2”：Insertion-2，表示这个Insertion的起点有可能在当前起点后2 bp范围内；当移动距离与InDel长度相当或者长度是InDel长度数倍时就在InDel类型前标记上“Dup”。
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>9</td>
														<td>Target上SV区域的长度</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>10</td>
														<td>Query上SV区域的长度
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>11</td>
														<td>SV所在的比对块类型：<br>
															由3个数字组成，第1个数字可取值4,3,2,1,0分别表示：<br>
															4-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）之间的SV（只能是InDel）<br>
															3-大比对块（几个符合共线性关系的小比对块链接而成的比对块）水平上的SV;<br>
															2-小比对块水平上的SV;<br>
															1-比对块之间的SV;<br>
															0-比对块内部的SV.<br>
															第2个数字表示：1-倒置，0-非倒置<br>
															第3个数字表示：1-易位，0-非易位</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>12</td>
														<td>
															SV所在的比对块编号：用“-”连起来的两个数字分别是：大比对块编号、小比对块编号，如果后面的数字是两个小比对块的编号用“.”连起，则表示该SV是位于两个小比对块之间的InDel。
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>13</td>
														<td>
															落在SV上的基因数
														</td>
													</tr>

													<tr>
														<td>14</td>
														<td>
															落在SV上的基因名称，用逗号分隔
														</td>
													</tr>

												</tbody>
											</table>
										</div>

									</div>
								</div>

							</div>
						</div>
					</div>
				</div>
			</div>

		</div>

		<script>
				$(function () {
					$(".table").bootstrapTable({})


				})

		</script>

	}